Badan Gizi Nasional dipimpin oleh Dewan Pengarah, Kepala Badan Gizi Nasional, dan Wakil Kepala Badan Gizi Nasional.

Di Pasal 8, tokoh yang mengisi Dewan Pengarah adalah tokoh kenegaraan, tokoh agama, tokoh masyarakat, purnawirawan TNI dan Polri, dan akademisi.

Adapun Kepala Badan Gizi Nasional bertugas memimpin dan bertanggung jawab atas tugas di lembaga ini. Di bawahnya, ada banyak deputi.

“Dewan Pengarah, Kepala, dan Wakil Kepala diangkat dan diberhentikan oleh Presiden,” demikian bunyi Pasal 46.